Hackpads are smart collaborative documents. .

Konsta Happonen

665 days ago
Unfiled. Edited by Jaakko Korhonen , Konsta Happonen 665 days ago
Ympäristötiedon avoimuus, lisensointi, luokittelu, mydata ja henkilötietoasiat
Jaakko K Voiko LiDAR-datasta johdettu data henkilödataa?
Jaakko K
  • Tuskinpa. Metsätietovarannossa on paljon muutakin kuin LiDAR-dataa.
Henkilötietojen anonymisointi 18x18 ruutuihin
 
16x16 metrin hilaan julkaisemisesta puhuttu.
 
Metsävaratieto on laserkeilausaineistoa ja muuta.
 
Rion sopimuksen mukaan biodiversiteetin kato pysäytetään 2020 mennessä.
 
Metsäkeskus valmistelee avoimen tiedon julkaisualustaa.
 
avoimuus
lisensointi
luokittelu
mydata
henkilötietoasiat
 
Avoin tiede
Lajirikkauskartta
 
Konsta H Metsäkeskus avannut metsänkäyttödataa:
  • Metsänkäyttöilmoitukset WMS-datana, tulossa WFS:ään
  • Metsätalouskäytössä oleva maa
  • Metsävaratieto aukeamassa 16 m resoluutioisena ruutuaineistona
  • Metsävaratiedon avaamisessa kaksi tietä eteenpäin: metsäkeskuksen omat prosessit, tietopyyntö ja oikeustappelu, metsätietolain uudistamiseen vaikuttaminen.
  • Miten metsätietolaki saadaan paremmaksi? Miten voimme vaikuttaa?
  • Yhteys valmistelevaan virkamieheen, pyydetään tulla kuulluksi
  • Sustainability koordinoimaan? Avoimen tieteen ihmisiä megeen?
 
Heureka hackathon: suunnitelma olisi hyvä kirjoittaa auki – Heureka kiinnostuisi ehkä lisää
  • Paljon ympäristönmuutokseen liittyviä visualisointimahdollisuuksia
 
596 days ago
llinkola Suunnittelupalaveri 4.4.2016
 
This pad text is synchronized as you type, so that everyone viewing this page sees the same text.  This allows you to collaborate seamlessly on documents!
 
Konsta esittele tämän hetkiset mallinukkset.
 
Keskusteltua:
  • Kesän kenttäkatselmusten suunnittelu
  • Maximum entropy -mallinnuksen tekeminen
  • Mihin voidaan hyödyntää karttaa: Arvioida mikä on hyvä hyödyntämistapa metsälle, mitä kannattaa tehdä?  Näitä kannattaisi listata ja sitten arvioida millä resursseilla tarvitaan, että saadaan hyötykäyttöön.
  • Metsänomistajien huoli, esim. juurikäävän torjunta? miten vastataan 
  • Tärkeää ottaa ihmiset, jotka eivät ole samaa mieltä kehitykseen.
  • Metsänomistajat avaamaan datansa, mikä porkkana?
Markus L
  • Partioliike ja puolustusvoimat sekä muut luonnossa jo liikkuvat organisaatiot kenttätutkimusyhteistyöhön.
  • Saaristoluonnon kartoitus mielekäs rahoitus- ja hyötykäyttökohde: HKI, Etelä-Kymenlaakso, Espoo, Turku, Lounaispaikka.fi. 
  • Minkälaisella taxanomialla keilattua aineistoa kannattaa biiffata? Mitä tietoja ja havaintoja kerätään? 
  • Yhteistyö YLE luontoradion kanssa. Lähetä kuvia; luontotyypistä, yksittäisistä lajeista; puut, kukat, puskat, sammalet, kukat, heinät, linnut, eläimet, perhoset, kalat, levät... sekä  havaintolausuntoja, kuvaussuunta, kellonaika ja GPS-lokaatio/osoitetieto.  
 
llinkola Seuraavat stepit:
  • aineiston siirtäminen johonkin katsomispalveluun
  • App for scouts to validate the model, app would be easy to make
Adri (
  • Scientific journal publication (method + validation in another country / forest type?)
 
llinkola Aineiston ajaminen serverille ja (Maximum entropy laskennan tekeminen)
  • Serveri: server for you (Jaakko) 
Adri (
  • add geoserver  on avohoito +  setup WMS (Adrien)
 
Aineiston siirtäminen karttapalveluun:
  • Aloitetaan Oskarista, katsotaan miten taipuu postgis tietokontoihin
  •  
 
Mallin validointi ja kenttäkokeet (Konsta, Liisa, xxx)
  • Keski-Suomessa käynti
  • Metodiikan kehittäminen, miten metsän kävijä voi validoida
  •  
 
Mahdolliset tulevat rahoituskanavat (Lilli):
llinkola
  • Kollin säätiö
Marja P
  • Panda-palkinto, wwf (dead line ihan kohta)
 
Wienin yliopiston EU-projekti: Ecological properties of nature reserve areas can now be analyzed by laser scanning from a plane 
  • "Cost savings in an order of up to 3.4 Billion Euros at European level could be achieved by reducing expensive and laborious field work for habitat mapping by automated analysis of airborne sensed data, which is cheaper in acquisition and more homogeneous than subjective perception during the field work. The contributing SMEs will gain economic benefits and clear competitive advantages."
 
What Data to Use for Forest Conservation Planning? A Comparison of Coarse Open and Detailed Proprietary Forest Inventory Data in Finland, Joona Lehtomäki, Sakari Tuominen, Tuuli Toivonen, Antti Leinonen, 
PLoS ONE 10(8): e0135926. doi:10.1371/journal.pone.0135926
 
Maanmittauslaitoksen laserkeilausaineiston hyödyntäminen yhdyskuntatekniikassa, AMK opinnäytetytö 2014
 
 
Markus L                           
 
 
 
 
653 days ago
Unfiled. Edited by Konsta Happonen , Heidi Laine , Leo Lahti 653 days ago
Kirjoitetaan OKFFIn avoimen tieteen työryhmän nimissä lyhyt kannanotto liittyen HS:n 7.2. uutisoimaan VTT:ssä (käytännössä) todettuun vilppitapaukseen. Tarjotaan kannanottoa HS:n julkaistavaksi. Tavoitteena saada teksti valmiiksi maanantain 8.2. aikana. 
 
 
Heidi L Avoimuus ehkäisee tutkimusvilppiä
 
Helsingin Sanomat kertoi sunnuntaina 7.2.2016 otsikolla "Huippututkimus johti harhaan" Teknologian tutkimuskeskus VTT:n suojissa tapahtuneesta mahdollisesta tutkimusvilpistä. Tutkinta ollaan aloittamassa uudelleen, mutta jo nyt voi todeta kyseessä olevan yksi suomalaisen tieteen historian merkittävimmistä vilppiepäilyistä. Reaktiot ovat olleet sen mukaisia. Tiedeyhteisön tutkimuseettisen itsesääntelymekanismin toimintakyky on kyseenalaistettu. Opetus- ja kulttuuriministeri Sanni Grahn-Laasonen kysyi heti jutun julkaisemispäivänä kotisivuillaan, ovatko nykyiset valvontakeinot riittäviä, luvaten tarvittaessa "ripeästi eteneviä" korjausliikkeitä. 
 
Mielestämme on  kyseenalaista lisäisikö sanktioiden koventaminen, sääntelyn tiukentaminen  tai tutkimuseettisen asiamiehen nimittäminen tutkimuksen  nuhteettomuutta. Hedelmällisempää olisi pyrkiä tunnistamaan ja karsimaan tutkimusvilppiin kannustavia sekä vilpin mahdollistavia tekijöitä.
 
Maailmanlaajuista tiedeyhteisöä ovat viime vuosina ravistelleet lukuisat vilppiskandaalit, esimerkkeinä Diederik Stapelin, Haruko Obokatan ja Michael LaCourin tapaukset. Tapauksia yhdistävät tutkimusaineistoon liittyvät epäselvyydet, tiedon pimittämisen kulttuuri sekä sensaatiomaiset tutkimustulokset, joiden turvin vilpistä epäillyt niittivät mainetta ja kunniaa ja saivat urahyötyjä. Uusi selvitys kertoo valmistuessaan tullaanko Matej Orešičin nimi jatkossa liittämään joukon jatkoksi.
 
Avoimuus on luotettavan tieteen kulmakivi. Katsomme, että tutkimusaineistojen ja -menetelmien julkisuus on yksi tehokkaimmista keinoista tieteen itsekorjautuvuuden, vilpin havaitsemisen ja vilpin ehkäisemisen tukemiseksi. Läpinäkyvyys nostaa kynnystä aineistojen muunteluun ja tulosten valikointiin. Institutionaaliseen valvontaan verrattuna avoimuus on joustava ja kustannustehokas keino tieteen laadun ja vaikuttavuuden edistämiseen. Avoin data on vapaasti hyödynnettävissä uusiin tarkoituksiin. 
 
Konsta H Avoimuuden vaatimusten kasvaessa on tärkeää kehittää palkitsemisen tapoja. Nykyinen julkaisukeskeinen palkitsemiskulttuuri ei kannusta aineistojen ja menetelmien avoimeen jakamiseen. 
 
Heidi L Tutkimusrahoittajat, kuten Suomen Akatemia ja säätiöt, ovat avainasemassa avoimen tieteen edistämisessä, sillä ne voivat edellyttää rahoittamiltaan hankkeilta avoimuutta ja myös palkita siitä. Opetus- ja kulttuuriministeriön Avoin tiede ja tutkimus -hanke on askel oikeaan suuntaan tieteen avoimuuden edistämiseksi. 
 
Tieteen autonomian turvaamiseksi on tärkeää, että tutkijayhteisö tarttuu myös itse sitä kohtaaviin haasteisiin. Kannustammekin jokaista tutkijaa pohtimaan, miten avata omaa tutkimustaan tieteen läpinäkyvyyden ja vaikuttavuuden lisäämiseksi.
 
Open Knowledge Finland ry:n Avoin tiede -työryhmä
 
 
665 days ago
Heidi L Open Science meet-up 26.1.
Antti P a. organizing the group
 
Raimo M Heidi Laine
Samuli Ollila ks. alla
Kaisa Haverinen
Heidi L Ilkka Vuorikuru väitöskirja liittyen saattohoidon yhteiskunnallisiin vaikutuksiin
Heidi L Raimo Muurinen Yhtä köyttä ja avoin demokratia
Marja Pirttivaara mm. geneettinen sukututkimus, genomitieto & DTC geenitestit
Hanna Koivula ks. alla
 
Antti P b. choosing the next ATT expert group representative
 
Konsta H Done in 2015:
  • Open science Lounge
  • Mindtrek OpenMind workshop
 
Heidi L Open Science & Research Initiative representative applicants:
 
Samuli Ollila
  • nmrlipids.blogspot.com
  • All science should be open by default
  • Should the WG have clear, concrete goals concerning f.e. open access, sharing open data, open grant applications > should the WG take stances, make recommendations, etc.?
 
Konsta Happonen
  • publicly funded knowledge should be publicly available > ethical point of view to Open Science
  • OpenCon Oulu Organizer
  • Annoyed by Publication Forum Finland
  • system of accumulating scientific merit should be renewed
  • Finnish research publications need to be open or die
  • National funders should demand more openness
 
Hanna Koivula
Hanna K
  • works at Finnish Museum of Natural History
Heidi L
  • Global Biodiversity Information Facility - GBIF, Global Nodes Committeen pj.
  • open data as key interest
  • citizen science
  • how to cite data? > merit
 
 
 
Raimo M ATT-hanke
  • tietopyyntö Aalto-yliopistolle tilausmaksuista. Paljonko maksaa Elsevierille. Nyt julkista tietoa. 
  • Joona edustanut OKFFI:tä asiantuntijaryhmässä  . Ylintä päätösvaltaa käyttää strategiatyöryhmä, jossa edustajana Tuuli Toivonen. 
 
Kaisa H Konkreettisena toimintaideana vuodelle 2016: avoimen tieteen koulutuksen lisääminen (by Konsta)
 
Kaisan ehdotus konkretiasta koulutukseen
Yhtenä sisältönä esimerkkejä avoimesta tekemisestä sinne tohtorikoulutettavien koulutukseen: mitä kuka tahansa voi tehdä jo ennen kuin meritointijärjestelmä saadaan muutettua?
-Raimon avoin gradu
-oma/ (hankkeen) tutkimussuunnitelma avoimesti esille ja kommentoitavaksi -> auttaisi rahoituksen saamisessa, kun suunnitelmaa on kommentoitu
 
Kaisa voi yrittää edistää asiaa Itä-Suomen yliopistossa
 
670 days ago
Unfiled. Edited by Konsta Happonen 670 days ago
  1. Session 2:
  1. (Session 3:  if there is a 3rd space)
 
  1. (Session 3:  if there is a 3rd space) Biodiversity Map hacking
 
761 days ago
Unfiled. Edited by llinkola , Konsta Happonen , Mikko Heikkinen 761 days ago
llinkola 23.10.2015 Project planning
 
This pad text is synchronized as you type, so that everyone viewing this page sees the same text.  This allows you to collaborate seamlessly on documents!
 
Lajirikkauskartta has received 20 000€ grant from Wihuri.
 
 
Project goal for 2015-2016
  • Test the visualisations (mock-ups, test with real users e.g. bird watcher)
  • Define the excisting old forest and mapping them
  • Visualise the old forests
  • Validate the hypothesises (biodiverity indicators)
  • Refine the algorithmes
  • vapaaehtoisten katselmoijien ohje
 
Next step phases
28.11.2015  Working weekend after the calculations that are currently running are done. 
 
Collaboration with Bios and others
 
Workwith Bios with more journalistic approach and appropriate use of the biodiversitity map.
 
Metsätieto 2020: Hanke, joka 
 
 
llinkola Crowdsourced forest field trips
 
Konsta H Current situation
Case: Predicting old-growth forests in Central Finland using lidar data
Status:
  • CSC-machine set up
  • Lidar data & elevation models downloaded
  • Data on distribution of protected old-growth forests obtained (Open data & FOI-request)
  • Data processing running, will take 3–6 weeks to finish
llinkola
  • Processing will produce 3 raster datasets with 2–6 m spatial resolution: maximum canopy height, return intensity & canopy cover index. The means, maximums, minimums and variance of these variables in 0.04 ha plots are known to be good predictors of tree density and tree basal area.
  • Hypothesis: these 16 variables will be sufficient to predict whether a 0.04 ha plot would qualify for protection as an old-growth forest.
  • Method: We divide the area to a 20 m x 20 m (or 18 x 18?) grid and calculate the 16 variables for these. We sample an appropriate amount of points from both inside the protected areas and outside (an assumption here is that old growth forest is very unlikely to be sampled from outside the protected areas). We then fit a series of logistic regression models where the response variable is binary (protected/not) and the predictors are different combinations of our lidar-derived variables.
  • From a group of candidate models, we can choose the best using, for example, AICc. We can then
  • interpret which of our predictor variables are useful for predicting the occurence of old-growth forests
  • predict the occurrence probability of old-growth forests for our study area.
  • With our prediction map we can do a bunch of things, for example compare it to the maps of valuable old-growth forests made by environmental organizations for the Keuruu area, to bring a quantitative perspective to the forest conflict.
 
Issues
  • lidar data is only available for ⅔ of Central Finland
  • The protocol for collecting lidar-data changed in 2013. Since then, part of the data has been collected during summer, when the trees and understorey are in full leaf. This will affect the lidar-variables.
  • No spatial data on tree-species composition. This will affect our predictions, though it might be safe to assume that most old-growth forests will be conifer-dominated.
  • Sampling design: might be more effective to only consider certain types of protected areas or to more efficiently filter the not-protected sample to contain only forests, for example.
  • Current implementation is very slow (20–40 minutes per file). We should seek a more efficient solution.
 
Future possibilities
  • BIOS (bios.fi) is a new Kone foundation -funded multidisciplinary research group looking into global resource and environmental crises, while also developing related journalism with the Finnish broadcasting company YLE. They are interested in our methods and results, especially if we can broaden our spatial scale to cover northern and eastern Finland.
  • So far we’ve only used a small subset of possible metrics that can be calculated from lidar data. Might be worth the effort to do a thorough literature review and choose more metrics if we continue.
 
903 days ago
llinkola Biodiversity Map Data Sources
 
R libraries suitable 
 
 
Informoidaan
  • metsänomistajia metsien arvosta.
  • metsänomistajille hakkuusuunnittelun pohjaksi.
  • luonnonharrastajille suojelun arvoisista kohteista, joita kentälläkin voisi katselmoida.
 
Dissemination channels and partners
Metsäkeskus, Metsäneuvonta
Metsäyhdistykset
Innofore, Jatkuva kasvatus
Yksityiset vähemmän hoidettujen metsien omistajat, löytäminen tiheysmallin avulla
 
EXISTING BIODIVERSITY MAPS
http://paikkatieto.ymparisto.fi/velmu/map.htm (Baltic see marine biodiversity)
 
Jaakko K INTERESTING CONTACTS
 
 
other resources
 
Local In Finland
  • Species information, observation listing, observation history data: Laji.fi APIs http://laji.fi/rajapinnat should be opening around Q4/2015
Mikko H
llinkola
  • Wikidata
  • Laser scannig data? MML dot cloud data
  • - Kallioperä, maaperä
Mikko H
llinkola
  • Forest density information? runkotiheys , vertical density
  •  
European-wide
  •  - land use etc.
llinkola Species genetics 
 
Jaakko K Global sources
Konsta H GBIF - Global Biodiversity Information facility. API: http://www.gbif.org/developer/summary
  • Global species observations. Laji.fi's FinBIF data also included in GBIF
LAADS - data from US satellites https://ladsweb.nascom.nasa.gov/data/search.html
Yucong G GRI_Global Reporting Initiative guidelines_environmental indicators for corporate reporting
Sustainable Forest Management certificate_forest companies need to apply for these certificates in commercial plantation:  PEFC http://www.pefc.org/    FSC https://fi.fsc.org/
Luke_Finnish Forest Research Institute year book (most information about wood products trade)_essential conservation factors http://www.metla.fi/metinfo/tilasto/julkaisut/vsk/2013/vsk13_symbolit_kartat.pdf  forest biodiversity and health  http://www.metla.fi/metinfo/tilasto/julkaisut/vsk/2013/vsk13_02.pdf  
 
The IUCN Red List of Threatened Species http://www.iucnredlist.org/technical-documents/spatial-data
 
 

Contact Support



Please check out our How-to Guide and FAQ first to see if your question is already answered! :)

If you have a feature request, please add it to this pad. Thanks!


Log in